В 1990 году окончил иркутскую среднюю школу № 62, в 1997 году - Иркутский государственный университет по специальности биолог, преподаватель биологии и химии.
С 1997 - член партии "Яблоко". В 1997 возглавил Иркутский благотворительный фонд "Доброе дело", был издателем еженедельника "Аргументы и Факты в Восточной Сибири".
В 1998 году служил в Вооруженных силах Российской армии. В 2001 году возглавил Агентство экономического и политического консалтинга "Народное мнение". В 2002 году по приглашению Григория Явлинского возглавил федеральный аппарат РДП "Яблоко". С 2005 по 2006 год был помощником руководителя ФАС России. С 2006 по 2007 год занимал должность заместителя начальника Управления контроля и надзора за соблюдением рекламного законодательства ФАС России. С 2007 года по настоящее время является начальником Управления контроля социальной сферы и торговли ФАС России. В 2009 году окончил Академию государственной службы по специальности "юриспруденция", специализация - правовое обеспечение рыночной экономики.
В 2007 году Тимофей Нижегородцев возглавил Управление социальной сферы и торговли ФАС России.
В 2018 году работа Управления контроля социальной сферы и торговли в области адвокатирования конкуренции была высоко оценена на международном уровне. Разработанный Управлением нормативно правовой акт, внесший прозрачность в особенность описания лекарств для медицинского применения, которые закупаются государством, победил в номинации «Создание рынков для развития частного сектора» и, тем самым, впервые принес ФАС России 1-ое место на международном конкурсе по адвокатированию конкуренции Всемирного банка-МКС.
В 2013 году награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, в 2017 году – медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» I степени.
В 2011 году ему присвоено звание «Почетный работник антимонопольных органов России».
В 2015 году награжден почетным знаком Федеральной антимонопольной службы «За заслуги в развитии конкуренции в России».
В 2019 году награжден медалью Федеральной антимонопольной службы «За отличие в службе» III степени.
В 2019 году награждён медалью «За вклад в развитие Евразийского экономического союза».
С 2020 года – заместитель руководителя ФАС России. В этой должности курирует вопросы здравоохранения, социальной сферы, торговли и непроизводственных услуг.
Классный чин – Государственный советник Российской Федерации 1 класса.