Родился 14 августа 1974 в г. Хабаровске
Окончил в 1997 году Дальневосточный государственный медицинский университет (Хабаровск) по специальности «лечебное дело». По окончании университета работал врачом палаты интенсивной терапии кардиологического отделения Дорожной клинической больницы Хабаровска, ассистентом кафедры госпитальной терапии Дальневосточного государственного медицинского университета, заведующим кафедрой гастроэнтерологии и клинической лабораторной диагностики Института повышения квалификации специалистов здравоохранения, проректором Дальневосточного государственного медицинского университета.
В 2004 году Е.Л. Никонов защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук.
В период с 2005 по 2009 гг. работал в должности начальника отдела координации деятельности территориальных управлений и национальных приоритетных проектов Росздравнадзор. В эти же годы совмещал службу с преподавательской деятельностью в должности профессора кафедры управления здравоохранения МГУ им. М.В. Ломоносова.
С 2009 по 2010 гг. заведовал терапевтическим отделением № 1 ФГУ «Клиническая больница» Управления делами Президента Российской Федерации. В 2010 году работал главным врачом Университетской клинической больницы № 2 Первого Московского государственного медицинского университета имени И.М. Сеченова.
В 2011 г. возглавил ФГБУ «Поликлиника №1» Управления делами Президента Российской Федерации.
С 2014 по 2020 гг. работал в Департаменте здравоохранения города Москвы, курировал вопросы координации деятельности структурных подразделений департамента, науки, работу клинических комитетов, вопросы информатизации и организации социально-культурных мероприятий отрасли здравоохранения.
С августа по декабрь 2020 г. - и.о. заместителя Председателя Правительства края по социальным вопросам.
С декабря 2020 г. по настоящее время - заместитель Председателя Правительства края по социальным вопросам.
Никонов Е.Л. - главный редактор журнала «Доказательная гастроэнтерология», заведует кафедрой гастроэнтерологии Российского национального исследовательского медицинского университета имени Н.И. Пирогова.